1、干细胞原始数量都很有限，要达到临床应用的细胞数量级，就必须经过体外的扩增培养。

2、作为一种正在研究探索中的新治疗方法，干细胞治疗对于人体的安全性、有效性尚待进一步验证，还需要更多的基础研究工作来给予干细胞的临床治疗提供支持，在探索中掌握干细胞转化及产业化规范发展的客观规律并稳步推进。

3、二维平面扩增的干细胞较难在短时间内得到足够的细胞量，且过多传代次数会造成干细胞质量下降。