1、硅藻土中含有钙、镁等离子，会与油液水解的磷酸酯产物发生反应，形成胶状物的皂化物，堵塞过滤器及调节机构。

2、硅藻土是天然产物，不同批次的产品存在化学成分的差异，使用时存在不可预测性。

3、硅藻土本身含有细微的颗粒，运行不当时会直接进入油系统。

4、硅藻土或活性氧化铝仅能恢复微量的酸值，对严重劣化的油品，如酸值超过0.5mgKOH/g，处理能力极其有限。

5、硅藻土处理的油量较少，需要频繁更换，费用比较高。